天主教博物館位于大三巴牌坊後，于1996年10月對外開放。博物館展室在地下層，陳列有多件宗教藝術品，表現了澳門豐富的傳教歷史。收藏的殿品中有圖畫、雕刻及禮儀裝飾品等有代表性的展品，都是從澳門所有教堂、修道院的收藏品中精挑細選出來的。在展館內側，有一個罕有的17 世紀的木制彌額爾大天神；一座17 世紀木制的面容純潔無邪的無原罪聖母像；象牙制的小雕塑，澳門的庇護使者──聖約翰洗者，以及澳門第一座教堂的守所神──聖安多尼。此外還有一些大型雕像及油畫。