貝子廟位于錫林郭勒盟盟所在地──錫林浩特市內額爾敦敖包山下，始建于清乾隆八年(公元1743年)，歷經七代活佛精修而成，共耗費白銀174萬多兩。全寺廟共分五大殿。中為朝克沁(行政教務)殿。兩側分別為拉卜楞(活佛)殿、滿巴(醫務)殿和都巴(天文數學)殿。貝子廟週圍還建有十幾座小殿和兩千餘間喇嘛住宅，總建築面積達1．2平方公裡。

此廟因為建在貝子旗，而且又是貝子巴拉吉爾道爾吉主持建造、故名貝子廟。清雍正年間，有一名叫巴拉吉爾隆德布的活佛從遙遠的青海歷經幹辛萬苦，一路誦經布道來到錫林河畔，深受巴拉吉爾道爾吉的祟拜和賞識。為了表示對活佛的謝意。于1741年巴拉吉爾王爺給活佛建造了一座小廟。隨之貝子廟聽教、出家人的增多，小廟裡擁擠不堪，乾隆八年(1743年)，開始修建規模宏大的廟宇，磚瓦石佛像經卷，均是駝運、勒勒車拉從張家口、多倫運來，有的從西藏等地運來。

1786年，乾隆帝賜封巴拉吉隆德布為一世活佛以“阿日旺，章龍，斑智達”稱號。意為“聰明傳教師”。並賜給滿、榮、漢、藏四種文字書字匾額頒發了度牒。“班智達葛根廟”由乾隆帝欽賜漢名“崇善寺”。到第二世活佛時佛殿經掌又大規模擴充。具有百多年的興盛時期。清光緒年間達到極盛。喇嘛最多時達1200多人。廟寺的上層喇嘛與西藏拉薩和山西五台山等地的宗教上層保持薯密切的聯系。

貝子廟雕梁畫棟，重樓復閣。飛簷鬥拱的建築風格，千姿百態的佛像塑造。富麗堂皇的繪畫裝飾。均具有鮮明的民族特色。貝子廟歷經蒼桑，在1966年“破四舊”運動中，幾天之內廟頂被砸、塑像搗毀、堆積如山的經卷圖書付之一炬。

近年來，地方政府開始修繕貝子廟。目前，已修繕完畢的珠都巴殿煥然一新。不久的將來，整個貝子廟將會重放異彩。